Секвенатор MiSeq, Illumina

Описание

Настольный интегрированный инструмент для NGS, включающий в одном приборе блоки для подготовки образцов (образования кластеров), секвенирования и обработки данных и интерфейс для управления.

Принцип секвенирования основан на технологии Solexa, включающей обогащение методом bridge-ПЦР на проточном чипе, секвенирование методом синтеза (SBS) с использованием флуоресцентно-меченных нуклеотидов и детекцию света флуоресценции от кластеров ДНК.

Основные применения:

ресеквенирование ампликоновых библиотек;

проверка результатов клонирования и генной модификации;

мультиплексное высокопроизводительное секвенирование малых геномов (например, микроорганизмов);

таргетное высокопроизводительное секвенирование геномов для анализа генетически-ассоциированных болезней;

поиск мутаций;

HLA-типирование;

секвенирование малых РНК;

эпигенетические исследования, анализ профиля метилирования;

целевое ресеквенирование и секвенирование de novo и т. д.

Суммарная производительность, п.н. при длине чтения, п.н. за время запуска:

— от 540 до 610×10⁶ при 1×36 за 4 ч.;

— от 750 до 850×10⁶ при 2×25 за 5,5 ч.;

— от 3,0 до 3,4×10⁹ при 2×100 за 16,5 ч.;

— от 4,5 до 5,1×10⁹ при 2×150 за 24 ч;

— от 7,5 до 8,5×10⁹ при 2×250 за 39 ч;

— к концу 2013 года, после выхода обновления прибора, химии и ПО, ожидается увеличение до 15?10⁹ при 2×300 за 50 ч;

максимальная длина чтения (одноконцевого / парноконцевого), нуклеотидов — 250/500;

стандартные длины считываемых фрагментов ДНК при чтении с обоих концов: 2×25, 2×50, 2×75, 2×100, 2×150, 2×250;

количество успешных прочтений за запуск:

— от 12 до 15×10⁶ для одноконцевых чтений в н. в., к концу 2013 г — от 22 до 2×10⁶;

— от 24 до 30×10⁶ для парных прочтений в н. в., к концу 2013 г — от 44 до 50×10⁶;

процент оснований в каждом прочтении, точность чтения для которых превышает 99,9 % (Q30) при длине чтения, п.н.:

— 90 % при 1×36;

— 90 % при 2×25;

— 85 % при 2×100;

— 80 % при 2×150;

— 70 % при 2×250;

— 70 % при ожидающейся к концу 2013 года длине чтения 2×300;

возможности мультиплексирования за счет смешивания образцов в одной пробе — до 96 с помощью комбинации мультиплексных идентификаторов с каждого конца при парно-концевых чтениях (8?12);

реагенты TruSeq реализуют метод обратимого терминального включения флуоресцентно-меченного основания, позволяют детектировать сигнал от отдельного нуклеотида, после чего терминатор удаляется;

для приготовления shotgun-библиотек имеется специально разработанный набор реагентов Nextera для фрагментирования ДНК на основе фермента транспозазы;

метод пробоподготовки и проведения клональной амплификации — с ипользованием эмульсионной ПЦР или без использования эмульсионной ПЦР (на выбор);

необходимое количество ДНК образца для секвенирования — 50 нг (реагенты Nextera) / от 100 нг до 1 мкг (реагенты TruSeq) / от 1 нг геномной ДНК;

количество различных ампликонов, анализируемых за один запуск прибора — до 36’000;

обработка полученных данных осуществляется первоначально непосредственно ПО прибора и занимает от 2 ч (парно-концевые чтения 2×250) до 24 ч (метагеномный анализ по 16S РНК), после чего биоинформатическая обработка данных может осуществляться с помощью бесплатного защищенного облачного сервиса BaseSpace (порядка 8 ч), для которого требуется только доступ в Интернет.